Μόλις τελείωσε ο πρώτος χρόνος του Πελοποννησιακού πολέμου, στην αρχή του θέρους, οι Πελοποννήσιοι και οι σύμμαχοί τους, με τα δύο τρίτα της συνολικής τους δύναμης, εισέβαλαν στην Αττική. Αρχηγός τους ήταν ο Αρχίδαμος του Ζευξιδάμου, ο βασιλιάς των Λακεδαιμονίων. Οργάνωσαν το στρατόπεδο τους και άρχισαν να λεηλατούν την ύπαιθρο χώρα. Τότε ακριβώς εμφανίστηκε ο λοιμός, που προκάλεσε τον θάνατο ενός μεγάλου ποσοστού των κατοίκων της Αθήνας, ανάμεσα στους και ο Περικλής μαζί με τα μέλη της οικογενείας του. Εκτιμάται ότι ο λοιμός σκότωσε από το 1/4 έως τo 1/3 του πληθυσμού της πόλης ο οποίος ανερχόταν τότε σε 300.000· νόσησαν και πέθαναν περίπου 300 ιππείς και 1.400 οπλίτες

Η επιδημία ξεκίνησε από το επίνειο της πόλης, τον Πειραιά. Διαδόθηκε το ίδιο καλοκαίρι, όταν ο Άγνων του Νικίου και ο Κλεόπομπος του Κλεινίου, που ήσαν συστρατηγοί του Περικλή, πήραν το εκστρατευτικό σώμα που είχε χρησιμοποιήσει εκείνος και πήγαν να χτυπήσουν τους Χαλκιδείς της Θράκης και την Ποτίδαια. Από τους τέσσερις χιλιάδες οπλίτες του σώματος αυτού η επιδημία «θέρισε» χίλιους πενήντα μέσα σε σαράντα μέρες: «Ούτε την Ποτίδαια πήραν ούτε άλλη καμιά επιτυχία είχαν, και τούτο επειδή ο στρατός είχε μεταφέρει, μαζί του, την λοιμική που έκανε θραύση στους οπλίτες, σε βαθμό που και αυτοί ακόμα οι οπλίτες της πρώτης εκστρατείας, οι οποίοι ήσαν υγιείς, κόλλησαν την αρρώστια από εκείνους που είχαν έρθει με τον Άγνωνα.» [2.58.3]

Λοιμός σε αρχαία πόλη, πίνακας του 17ου αιώνα του Μίχιελ Σβέιρτς, ο οποίος θεωρείται πως αναφέρεται στο λοιμό των Αθηνών.
Λοιμός σε αρχαία πόλη, πίνακας του 17ου αιώνα του Μίχιελ Σβέιρτς, ο οποίος θεωρείται πως αναφέρεται στο λοιμό των Αθηνών.

Παραδόξως η νόσος δεν μεταδόθηκε στα στρατεύματα των Σπαρτιατών, αν και παρέμειναν στην Αττική περισσότερο από κάθε άλλη φορά και την κατάστρεψαν ολόκληρη, και δεν επεκτάθηκε στην Πελοπόννησο, τουλάχιστον σε βαθμό άξιο λόγου: «Όσο καιρό οι Πελοποννήσιοι ήσαν στην Αττική και οι Αθηναίοι στην εκστρατεία, η επιδημία εξακολουθούσε να θερίζει και μέσα στην πολιτεία και στο εκστρατευτικό σώμα. Διαδόθηκε, μάλιστα, ότι οι Πελοποννήσιοι φοβήθηκαν την επιδημία —το έμαθαν από αυτομόλους και από τις πολλές φωτιές όπου οι Αθηναίοι έκαιγαν τους νεκρούς —κι έφυγαν γρήγορα από την Αττική. [2.57.2] Ο λοιμός εμφανίστηκε και σε άλλες περιοχές της ανατολικής Μεσογείου κι επέστρεψε δύο φορές, το 429 π.Χ. και τον χειμώνα του 427/426 π.Χ. Ο Θουκυδίδης μολύνθηκε ο ίδιος αλλά κατάφερε να επιζήσει: «Εγώ, που αρρώστησα ο ίδιος και είδα, με τα μάτια μου, άλλους ν᾽ αρρωσταίνουν, θα περιγράψω την αρρώστια και τα συμπτώματά της, ώστε αν τύχει και ξανάρθει ποτέ, να τα έχει ο καθένας υπόψη του και να ξέρει την αρρώστια για να πάρει καλά τα μέτρα του.»

Ο λοιμός των Αθηνών συχνά θεωρείται πως ήταν ένα ξέσπασμα βουβωνικής πανώλης σε μια από τις πολλές μορφές της, αλλά διάφορες επανεκτιμήσεις των κριτηρίων σχετικά με τα επιδημιολογικά συμπτώματα έκαναν τους ειδικούς να θεωρήσουν πιθανές και άλλες αρρώστιες όπως τύφο, ανεμοβλογιά, ιλαρά, και σύνδρομο τοξικού σοκ ή την ασθένεια του άνθρακα, η οποία εμφανίστηκε με την συγκέντρωση χιλιάδων προσφύγων εντός των τειχών καθώς και με τον συνωστισμό των παραγωγικών ζώων. Κατά τα τέλη του 20ού αιώνα υπήρξαν εκτιμήσεις ότι μπορεί να πρόκειται για τον Αιμορραγικό Πυρετό Έμπολα, επειδή τα συμπτώματα έχουν πολλές ομοιότητες με τα αντίστοιχα στην Αφρικανική ήπειρο, όπου εκδηλώθηκαν οι ασθένειες αυτές και ταυτοποιήθηκαν, ενώ ο Θουκυδίδης είχε αναφέρει την Αιθιοπία ως τόπο προέλευσης του ιού.

Το επόμενο κείμενο είναι από το Β’ Βιβλίο της Ιστορίας του Πελοποννησιακού πολέμου· η μετάφραση είναι του Άγγελου Βλάχου.